在国家能源局机构重组、职能转变的大趋势下，其内设机构职能交叉的问题也纳入统筹考虑范畴。

据知情人士透露，能源局内部对煤层气行业管理可能出现调整，行业管理权限或由煤炭司转移至油气司。

按照当前机构职责划分，能源局煤炭司负责煤层气(煤矿瓦斯)管理，并承担煤矿瓦斯防治部际协调领导小组的具体工作，协调有关部门开展煤层气开发、煤矿瓦斯治理和利用工作。

而石油(行情专区)天然气司负责管理石油、天然气项目规划布局，以及对管道项目、油气对外合作区块的审核。这些油气项目不包括煤层气在内。

煤层气企业人士认为，煤炭司侧重煤炭项目管理，用管理煤炭的思路发展煤层气。目前，我国煤层气距离商业化还有很大距离，煤炭与煤层气伴生，二者之间存在的矿权重叠问题一直没有得到较好解决，影响行业发展。

全国煤矿瓦斯防治部际协调领导小组第十次会议数据显示，2012年煤层气(煤矿瓦斯)抽采量141亿立方米、利用量58亿立方米，而原先的既定目标分别是抽采量155亿立方米，利用量80亿立方米。

由于煤层气开发从煤炭治理角度出发，煤矿井下瓦斯抽采增长速度和规模一直高于地面煤层气抽采。2012年官方数据井下瓦斯抽采量114亿立方米，地面煤层气产量27亿立方米。

行业统计显示，2009-2012年，地面煤层气开发以5亿立方米/年左右速度增长，井下抽采则以10亿立方米/年左右的速度增长。但地面抽采利用率远远高于井下瓦斯抽采，前者利用率在75%左右，后者只有30%左右。

“国家重视煤矿瓦斯防治工作，在政策上给井下瓦斯抽采更多支持。一些地方也提出”气随煤走，两权合一“的建议，这不利于提高专业煤层气企业的积极性。此外，煤层气虽然同是非常规油气资源，但发展的劲头与页岩气相比明显没有优势。国家应借助机构改革的时机，理顺煤层气行业的管理体制，否则发展目标完成难度大。”上述煤层气企业人士说。

2013年煤炭瓦斯治理的目标是：煤层气(煤矿瓦斯)抽采量160亿立方米，利用量74亿立方米。

根据煤层气“十二五”规划，2015年煤层气产量300亿立方米，地面开发160亿立方米，基本全部利用，煤矿瓦斯抽采140亿立方米，利用率60%以上。能源“十二五”规划更是在煤层气利用上提出更高标准，要求2015年煤层气商品量达到200亿立方米。

在体制机制、技术、产业政策等约束下，煤层气发展目标实现难度大。日前，国务院公布取消和下放行政审批名录，石油、天然气、煤层气对外合作合同审批取消，这是刺激煤层气发展的新利好因素。